上海第二醫(yī)科大學附屬瑞金醫(yī)院外科是上海市重點學科、“九.五”和“十.五”期間“211工程”重點學科、上海市教委第二期重點建設學科、第一、二周期上海市醫(yī)學領先專業(yè)重點學科、上海市醫(yī)學重點學科，是外科碩士、博士培養(yǎng)點和博士后流動站。學科組成包括外科門診、外科急診、外科病房（10個病區(qū)，近400張病床）、上海市微創(chuàng)外科臨床醫(yī)學中心、瑞金醫(yī)院器官移植中心、上海消化外科研究所、外科教研室、外科監(jiān)護室、《外科理論與實踐》雜志編輯部。設有胃腸道癌腫、膽胰疾病、肝門脈疾病、器官移植、微創(chuàng)外科、血管外科、外科重癥監(jiān)護、乳腺和內分泌外科等專業(yè)課題組?，F(xiàn)擁有一批國內外著名的外科學專家教授。有十余人先后擔任全國胃癌、結直腸癌、腹腔鏡、膽道或胰腺外科學會（或學組）的正副主任委員或委員、中華外科或上海市外科學會委員、上海市普外科學會主任委員、委員等職，其中有博士研究生導師8名、碩士研究生導師10名；培養(yǎng)碩士研究生106名，博士研究生29名，先后承擔多項國家以及市、部級重大、重點攻關項目，解決一個又一個醫(yī)學難題；并獲得多項國家級和市、部級科技獎勵；形成了以胃腸道癌腫、重癥胰腺炎、器官移植、微創(chuàng)外科為特色的，在各個方面具有綜合優(yōu)勢的重點學科。

　　重癥胰腺炎
　　重點研究急性壞死性胰腺炎的發(fā)病機制及如何進一步提高外科綜合治療療效。從1985年首先提出早期外科手術的觀點至90年代中期開展短時血濾治療急性重癥胰腺炎，瑞金醫(yī)院外科急性壞死性胰腺炎的總體療效達到國內領先水平。在國內首先創(chuàng)用CT圖像進行ANP嚴重度分級，首先提出ANP"個體化治療方案"，并在國內進行推廣；在國內首先開展短時血濾治療ANP，從而使急性重癥胰腺炎治愈率達80%，居國內領先水平。


　　器官移植
　　學科是國內最早成功開展臨床肝移植的單位，早在78年就完成了首例國內肝移植及首例心臟移植，2002年成立了器官移植中心，已形成一套完整的肝移植手術操作常規(guī)，至今共施行肝移植120余例，其中劈離式肝移植4例，背馱式肝移植70例，原位輔助肝移植2例，肝腎聯(lián)合移植4例，再次肝移植6例，另外還成功地施行了肝腸聯(lián)合移植以及亞洲首例腹腔7臟器聯(lián)合移植并開展了多項肝移植相關臨床與臨床基礎研究。國內首例劈離式肝移植和亞洲首例腹腔7臟器聯(lián)合移植分別評為中國醫(yī)學論壇報2002及2004年度國內十大新聞。移植中心開展的多個項目均居國內領先水平。