1986年，在普通外科老一代專家的幫助下，胸心外科在普通外科成立了專業(yè)組，周冠漢教授擔任首位學科帶頭人。周冠漢教授為新中國第一批公派醫(yī)學13人訪美團成員之一，為科室的創(chuàng)建嘔心瀝血，從人員安排，技術(shù)力量培養(yǎng)，床位的設(shè)置，專業(yè)儀器的添置，病人的來源等方面做了大量的工作。從1986年9月第一例賁門癌根治術(shù)開始，歷經(jīng)5年時間，科室年手術(shù)量增加至100臺次。

1991年，根據(jù)胸心外科發(fā)展的需要，胸心外科獨立建科。劉丹丹醫(yī)生代理科室主任，帶領(lǐng)全科同志繼續(xù)在本學科領(lǐng)域里，不斷探索，深入研究，開拓進取，積極工作。作為國內(nèi)第一批開展胸腔鏡業(yè)務的單位之一，1994年3月，科室成功實施第一例胸腔鏡下肺大泡切除術(shù)。1995年開展首例經(jīng)腹食管裂孔疝的胸腔鏡手術(shù)，同期成功開展了袖狀肺切除術(shù)。隨著時間推移，科室業(yè)務發(fā)展逐漸趨于多元化、高端化及復雜化，為后續(xù)科室繼續(xù)發(fā)展奠定了堅實的基礎(chǔ)。

根據(jù)全院醫(yī)療形勢的發(fā)展需要，2000年胸外科引進學科骨干和學術(shù)帶頭人，中國協(xié)和醫(yī)科大學腫瘤學院胸外科博士閆天生主任醫(yī)師擔任科主任，胸外科由此進入快速發(fā)展階段。學科特色定位為“胸部腫瘤與微創(chuàng)手術(shù)兩翼齊飛”，同時以“科有特色、人有專長”的思路建立和發(fā)展學科隊伍。在胸部腫瘤和胸部微創(chuàng)手術(shù)方面，緊跟國際和國內(nèi)前沿治療技術(shù)和理論，大力開展新技術(shù)，推動學科的強勢發(fā)展。業(yè)務上開展了主支氣管及葉支氣管袖式肺葉切除治療肺癌、氣管袖式切除治療氣管腫瘤、VATS肺減容手術(shù)治療重度肺氣腫、VATS肺葉切除術(shù)、VATS治療手汗癥、VATS胸腺擴大切除術(shù)治療高老齡重癥肌無力、右開胸一切口高位食管癌切除超胸頂吻合術(shù)、手輔助胸腔鏡食管癌切除左胸弓上吻合術(shù)等技術(shù)，使胸外科進入了一個嶄新的微創(chuàng)時代。

2013年胸外科人才梯隊建設(shè)進一步強化，閆天生主任由北京腫瘤醫(yī)院引進馬少華副主任醫(yī)師，科室力量得到進一步壯大。同年開展了胸腹腔鏡聯(lián)合食管癌根治術(shù)，效果良好，截止目前累計已達150例，受到同行廣泛認可。在VATS手術(shù)方面也有了進一步發(fā)展，規(guī)范化VATS單項式肺葉切除、開展VATS袖狀切除術(shù)、VATS解剖性肺段切除術(shù)、sigleportVATS肺葉切除術(shù)，VATS全肺切除術(shù)、HookWire定位肺結(jié)節(jié)精確切除術(shù)等行業(yè)內(nèi)先進技術(shù)，使得VATS技術(shù)進入了新的平臺。同時召開北醫(yī)三院胸外科微創(chuàng)論壇，累計15期，學員輻射全國，達600人次。目前科室在醫(yī)、教、研三方面擬全面發(fā)展及提升，保證臨床工作穩(wěn)步前進的同時重點發(fā)展科研及臨床轉(zhuǎn)化研究，正朝著科研型科室的方向努力奮進！